hola
no se quien te habra contado eso, ¿ que tiene que ver el motor con el alternador ? el motor es un señor motor, y el alternador que lleve puede ser mejor o peor,ero vamos, que no tiene nada que ver una cosa con la otra,
los alternadores llevan su regulador y meten carga cuando la bateria la demanda, no la meten asi como asi,
otra cosa, si llevas un separador de carga, cuando una bateria esté cargada,esa bateria ya no toma más carga y seguira
cargando la otra hasta que esté cargada, y no pasa nada, puedes seguir con una bateria de auto, si es más economica o puedes poner lo que creas conveniente, una opcion más etica seria poner las dos baterias iguales de AGM O DE GEL y lo más importante poner un despues de las placas un cargador inteligente los hay victron tambien, y asi te controlara más la carga, y la carga del alternador le podrias poner dos magnetotermicos, con la entrada comun, y las salidas una a la bateria de motor y otra a bateria de servicio, asi cuando este trabajando el motor puedes cargar solo la bateria que más te interese, tambien hay que considerar el tiempo de uso, si el barco no navega mucho, quizas no merece la pena
en fin suerte y ya contaras lo que decidas

La mayor condena que puede recaer sobre un culpable,
es que nunca, será absuelto por su conciencia
Juvenal